Essa rejeição ocorre quando o CNPJ do destinatário está incluso também em outro campo de autorizador de download de XML.
Verifique se o CNPJ do destinatário está informado no cadastro da filial como autorizados na aba DF-e (Outras informações > Autorizados download XML). Se tiver deve ser retirado para conseguir emitir a nota.
SEMPRE FAÇA BACKUP ANTES DE RODAR QUALQUER COMANDO NO BANCO
Nesse caso você muda o tipo do frete para Destinatário, muito provavelmente está como Transportadora
Use o comando abaixo para fazer essa alteração
Update movimento set Transp_por = 'D' where ide ='IDE DO MOVIMENTO AQUI'